La guerra por parte del gobierno tomó perfiles despiadados en el norte. El gonzalista Jesús Guajardo le hizo creer a Zapata que estaba descontento con Carranza y que estaría dispuesto a unirse a él. Zapata le pidió pruebas y Guajardo se las dio al fusilar a aproximadamente 50 soldados federales, con consentimiento de Carranza y Pablo González, y ofrecerle a Zapata armamento y municiones para continuar la lucha. Así, acordaron reunirse en la Hacienda de Chinameca, Morelos, el 10 de abril de 1919. Zapata acampó con sus fuerzas a las afueras de la hacienda, y se acercó a la misma acompañado únicamente por su escolta de 100 hombres. Al cruzar el dintel, un ordenanza apostado a la entrada, tocó con su clarín la llamada a honores. Ésta fue la señal para que los tiradores, escondidos en las azoteas, abrieran fuego contra Zapata, que alcanzó a sacar su pistola, pero un balazo se la tumbó. No pocos condenaron el procedimiento. Además, esto dio lugar a que, una vez muerto, Zapata se convirtiera en el apóstol de la revolución y símbolo de los campesinos desposeídos. El movimiento continuó, aunque ya con menos intensidad, y los zapatistas acordaron nombrar a Gildardo Magaña Cerda jefe delEjército Libertador del Sur. Él sería el último, pues casi un año después, los antiguos compañeros de Zapata se integrarían al gobierno aguaprietista, aunque algunos de ellos serían asesinados por el mismo gobierno.
Entre la gente común del estado de Morelos, que se negaba a dar crédito a la muerte de Zapata, circulaba la creencia de que no era su caudillo el que había sido asesinado por Guajardo. Se decía que le hacía falta un lunar, que si Zapata era más alto o más moreno. Se decía que no era posible que, si Zapata había escapado a tantas emboscadas y siempre había tenido tan buen olfato para los engaños, hubiera caído de esta manera. Se decía que Zapata había mandado en su lugar a uno de sus compadres, con quien compartía un gran parecido. Desgraciadamente la identificación del cadáver de Zapata por parte de antiguos compañeros de armas y gente cercana fue contundente: el cadáver correspondía al caudillo del sur.
Las leyendas llevaron a Zapata hasta el Lejano Oriente, donde un compadre árabe le habría ofrecido protección; según esa leyenda, Zapata se había embarcado en Acapulco para huir a Arabia. Otros más aseguraban que en las noches de luna, se le podía ver cabalgando cerca de Anenecuilco, el sitio de su nacimiento. También allí ubicaban, décadas después, a un anciano encerrado en una casa, que aseguraban era Zapata.
