A fines de la década de los ochenta Gallagher desarrolló una grave Aerofobia (fobia a volar) y para superarlo recibió una prescripción médica de un fuerte sedante. Este medicamento, con su abusivo consumo del alcohol le generó daños graves a su hígado, pero a pesar de ello siguió dando conciertos en extensas giras. Durante su última presentación dada el 10 de enero de 1995 en los Países Bajos, su salud empeoró de tal manera que el resto de la gira fue cancelada.
En marzo del mismo año fue ingresado al Hospital Colegio del Rey en Londres y fue allí donde se descubrió que su mala salud era evidente, a causa de múltiples fallas en su hígado y por ello los médicos determinaron que un trasplante era la única forma de poder salvarlo. Después de trece semanas de cuidados intensivos y a la espera de ser trasladado a una clínica de reposo, su salud se agravó súbitamente cuando contrajo una infección de estafilococos (SAMR), llevándolo a su muerte el 14 de junio de 1995 a los cuarenta y siete años de edad.
Fue sepultado en el Cementerio San Oliver en las afueras de Ballincollig, una ciudad satélite de Cork en Irlanda y su lápida es una réplica de un premio que recibió en 1972 para el guitarrista internacional del año. Cabe señalar que nunca se casó y que no tuvo hijos, por ende los derechos de su música y otros conceptos son dirigidos por su hermano menor Dónal Gallagher.
