En noviembre de 1977 Sid conoció a la groupie estadounidense Nancy Spungen que vino desde Nueva York junto a la banda de punk The Heartbreakers para telonear a los Pistols, fue presentada a Sid por el líder y cantante Johnny Rotten e inmediatamente comenzaron una relación. Ella era adicta a la heroína y Vicious, quien ya creía en su propia imagen de "vive rápido, muere joven", pronto compartió la dependencia. Aunque estaban profundamente enamorados, su usualmente violenta y rocosa relación tuvo un efecto desastroso en los Pistols. Tanto el grupo como Vicious se deterioraron visiblemente durante su tour por los Estados Unidos de 1978. Los Pistols se separaron en San Franciscodespués de su concierto en el Winterland Ballroom del 14 de enero de 1978. Con Spungen actuando como su mánager, Vicious se embarcó en una carrera como solista durante la cual actuó con músicos como Mick Jones de The Clash, el bajista original de los Sex Pistols Glen Matlock, Rat Scabies de The Damned y Arthur Kane, Jerry Nolan yJohnny Thunders de los New York Dolls.
En la mañana del 12 de octubre de 1978, Sid se despertó de un estupor de drogas para encontrar a Nancy muerta en el suelo del lavabo de su cuarto de hotel (cuarto 100 del Hotel Chelsea, en Nueva York). Había recibido una única herida de puñalada en el abdomen y aparentemente se desangró hasta morir. Vicious fue arrestado y acusado de su asesinato, pero él decía no tener ningún recuerdo de haberlo hecho. Hay muchas teorías de que Spungen fue asesinada por alguien más, aunque la más usual dice que fue uno de los dos traficantes de drogas que visitaron su cuarto esa noche y que, probablemente, involucraba un robo, pues algunos artículos no se encontraron en el cuarto.
Después de declarar por la muerte de Spungen, un periodista entrevistó brevemente a Vicious, quien salió temblando y parecía sobrio, taciturno e introvertido.Entrevistador: ¿Te estás divirtiendo en este momento?Vicious: Ja ¿Lo dices en serio? No, no me estoy divirtiendo.Entrevistador: ¿Dónde te gustaría estar ahora?Vicious: Dos metros bajo tierra.Entrevistador ¿Lo dices en serio?Vicious: (apacible y triste) oh Sí.
La fianza de 50.000 USD fue pagada por Virgin Records a petición de McLaren. El plan era que Vicious grabara un álbum con sus compañeros de los Pistols, Steve Jones y Paul Cook, para recaudar fondos para su defensa. Éste iba a ser una colección de éxitos, incluyendo, según McLaren, "White Christmas" y "Mack the Knife". También se consideró, según Paul Cook, que el álbum fuera a ser una selección de las canciones favoritas de Sid e incluyera pistas de The Stooges, Ramones, New York Dolls y The Heartbreakers. El 2 de febrero de 1979 se celebró una fiesta para festejar su liberación en la casa de su nueva novia Michelle Robinson. Durante su estancia en la prisión de Rikers Island, Vicious había pasado por una terapia de rehabilitación de drogas y supuestamente estaba curado.
Sin embargo, en la fiesta obtuvo algo de heroína, y pidió a Michelle que le inyectase, quien se negó a hacerlo y fue su madre quien le dio una sobredosis suficiente para matar a dos personas. Ella pensó que eso acortaría su sufrimiento, pues ella también era adicta desde hace muchos años. Fue descubierto muerto a la mañana siguiente a causa de dicha sobredosis. Los medios de comunicación creyeron por muchos años que Sid se había suicidado, pero fue su madre quien confesó que le había suministrado la sobredosis de heroína que causó su muerte. Al momento de su muerte, Sid tenía 21 años. Su madre también adicta a la heroína murió de sobredosis en 1996.
Unos días después de ser incinerado, su madre encontró una nota de suicidio en el bolsillo de su chaqueta. Decía "Hicimos un pacto de muerte, yo tengo que cumplir mi parte del trato. Por favor, entiérrenme al lado de mi nena. Entiérrenme con mi chaqueta de piel, vaqueros y botas de motociclista. Adiós. Con amor, Sid"
